태오의 낙서장-끄적끄적.. 단순한 태오 뭘 끄적였나..
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미국 대학원 순위 [2006/11/28]
Finnigan LTQ 질량 분석기 [2006/11/23]
[한삼희의 환경칼럼] 부끄러운 바다 이야기 [2006/11/11]


Subject
미국 대학원 순위  
2006/11/28 (Tue)
05:19:00 pm
http://www.tioh.net/zog_nackseo/?no=283
미국 시사주간지 '유에스뉴스앤드월드리포트'가 해마다 발표하는 미국 대학원 순위에서 지난해에 이어 올해도 하버드 대학이 1위를 차지했다. 캘리포니아에서는 스텐포드 2위, 버클리 6위, UCLA 11위, USC 26위, UC Davis 42위, UC Irvine.이 49위를 차지했다.


1. Harvard University (MA)
2. Stanford University (CA)
2. University of Pennsylvania (Wharton)
4. Massachusetts Institute of Technology (Sloan)
4. Northwestern University (Kellogg) (IL)
6. Dartmouth College (Tuck) (NH)
6. University of California Berkeley (Haas)
8. University of Chicago
9. Columbia University (NY)
10. University of Michigan Ann Arbor (Ross)
11. Duke University (Fuqua) (NC)
11. University of California?Los Angeles (Anderson)
13. New York University (Stern)
14. University of Virginia (Darden)
15. Cornell University (Johnson) (NY)
15. Yale University (CT)
17. Carnegie Mellon University (Tepper) (PA)
18. Emory University (Goizueta) (GA)
18. University of Texas Austin (McCombs)
18. University of Washington
21. Ohio State University (Fisher)
21. University of North Carolina Chapel Hill (Kenan-Flagler)
23. Purdue University West Lafayette (Krannert) (IN)
23. University of Minnesota Twin Cities (Carlson)
23. University of Rochester (Simon) (NY)
26. University of Southern California (Marshall)
27. Georgetown University (McDonough) (DC)
27. Indiana University Bloomington (Kelley)
27. University of Illinois Urbana-Champaign
27. University of Maryland College Park (Smith)
31. Arizona State University Main Campus (W. P. Carey)
32. Georgia Institute of Technology
32. Michigan State University (Broad)
32. Texas A&M University College Station (Mays)
32. University of Notre Dame (Mendoza) (IN)
32. Washington University in St. Louis (Olin)
37. Pennsylvania State University University Park (Smeal)
37. University of Iowa (Tippie)
37. University of Wisconsin?Madison
40. Brigham Young University (Marriott) (UT)
40. University of Arizona (Eller)
42. University of California Davis
42. University of Florida (Warrington)
42. Wake Forest University (Babcock) (NC)
45. Tulane University (Freeman) (LA)
45. University of Georgia (Terry)
45. Vanderbilt University (Owen) (TN)
48. Boston University
49. Rice University (Jones) (TX)
49. University of California Irvine
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Subject
Finnigan LTQ 질량 분석기  
2006/11/23 (Thu)
04:47:17 pm
http://www.tioh.net/zog_nackseo/?no=282

● Finnigan LTQ 질량 분석기

질량분석기는 생명과학, 특히 생체분자 및 대사체를 분석하는데 있어 가장 신뢰성 있는 결과를 보여 주는 분석장비이다. 최근 연구가 활발한 Proteomics(단백질체학) 연구와 관련, ESI(Electro Spray Ionization) 기술의 발전과 함께, MDLC(multi dimensional liquid chromatography) 등의 분리기술 및 ion trap MS·MS와 같은 질량분석기술의 발전은 보다 복잡하고 낮은농도의 단백질시료에 대한 분석을 가능케 하고 있다.

차세대 질량분석기술은 기존의 2D GEL 및 MALDI-TOF 분석기술의 한계를 극복하고, 상대적으로 넓은 농도범위의 단백질·펩티드를 high-throughput으로 확인함과 동시에 그 염기서열을 분석하며, 전사후수식화(PTM, post translational modification)된 펩티드 분석이 가능해 활용이 급속하게 증가하고 있는 경향을 나타내고 있다.

차세대 이온포집 질량분석기로 불리는 Finnigan LTQ는 HPLC에서 분리되어 나오는 생체물질들을 on-line으로 기체이온화 시킨 후, 목적물질을 일정한 공간 안에 포집하고 불활성 기체와 충돌시켜 나오는 고유의 딸분자들을 이용하여 그 구성분자의 서열을 자동으로 확인하여 주는 장비이다.

기존장비에 비해 포집효율과 포집량을 대폭 증가시킨 선형 hyperbolic ion trap을 탑재하고 두개의 검출기를 사용하여 감도, 검출속도, 정량성을 동시에 높였기 때문에 혼합미량시료의 고효율 자동분석에 크게 기여하고 있다.

LTQ는 세계적으로 그 성능이 입증된 LCQ Ion Trap 질량분석기를 근간으로 진보된 기술이 집적된 Linear Ion Trap으로서, 보다 정교해진 이온화 기술로 용매제거를 최적화시킨 새로운 Ion Max Source가 장착됐으며, 방사형의 이온배출기술과 함께 두개의 전자증폭 검출기를 탑재하여 atto-mole 수준의 농도에 대한 검출을 가능하게 한다.

세 구역으로 나누어진 Linear ion trap은 기존 장비들에 비해 10배 이상의 감도향상을 가져왔으며, 사용자가 필요로 하는 모든 MS?MSn 기능을 빠른 속도로 제공함으로써 보다 정확하고 빠른 분석을 가능하게 한다.

예를 들어 2D-LC 와 병행하여 sub femtomole ~ nanomole 농도범위의 단백질혼합시료를 동시에 분석한다거나, 1초에 3번 이상의 MS/MS를 자동으로 수행함으로써 LC에서 미처 분리가 되지 못하고 co-elution되는 펩티드들에 대해서도 놓치지 않고 그 서열정보를 정확하게 줄 수 있는 기능 등이 바로 그것이다. 분리기술의 발달과 함께 LTQ의 이러한 신개념 LC-MS/MS 기술을 통해, 기존의 기술로는 쉽게 분석하지 못했던 PTM 단백질이나 바이오마커(biomarker, 생체표지물질)를 보다 빠르고 쉽게 확인할 수 있게 되었으며 그 활용예가 최근들어 활발히 발표되고 있다.

또한 LTQ와 FT-ICR 질량분석기가 결합된 LTQ-FT를 이용하면 top-down Proteomics 및 고분해·고정확 염기서열분석이 가능한데, 이러한 분석기술 역시 최근 전세계적으로 큰 반향을 불러일으키고 있으며 고가의 장비임에도 불구하고 향후 그 보급 및 활용이 급격히 늘어날 것으로 전망된다.

MALDI 및 ESI 와 같이 생체분자를 기체이온화 할 수 있는 기술들이 개발된 이후 질량분석기를 이용한 단백질 분석기술은 하루가 다르게 발전하여 현재는 단백질 연구분야에서 가장 믿을만한 분석기술로 자리잡았다.

Finnigan LTQ의 응용분야를 살펴보면 △고효율 단백질 확인(high throughput protein identification) △아직까지 밝혀내지 못한 수많은 바이오마커를 찾아내고 정량화하는 단백질의 정량분석 △MALDI-LTQ 및 LTQ-FT/MS등의 hybrid 질량분석 △전사후수식화(PTM, post translational modification)된 단백질의 자동화 분석 등을 꼽을 수 있다.

● 주요 사양

Mass Analyzer : Three segmented Linear Ion trap
Detector : Dual EMs with +/-15KV
Mass Range : 15 ~ 4,000 (m/z)
Mass Resolution : R=20,000 (FWHM) with ZoomScan
Scan Cycle Time : 5 spectra/sec
MS/MSn Function : n= 10, automated
MS/MS Sensitivity(S/N) : S/N 100:1 @ 250 fg Reserpine  
(2006 . 6 기사)

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Subject
[한삼희의 환경칼럼] 부끄러운 바다 이야기  
2006/11/11 (Sat)
02:04:37 pm
http://www.tioh.net/zog_nackseo/?no=281
[한삼희의 환경칼럼] 부끄러운 바다 이야기



▲ 한삼희 논설위원

주부들이 음식쓰레기를 따로 골라낸 지 대략 2년이 됐다. 이렇게 하는 나라는 세계에서 우리나라 딱 한 군데다. 번거로운 일이지만 주부들은 잘 협조해주고 있다. 그런데 주부들이 공들여 분리배출한 음식쓰레기의 4분의 1은 바다에 버려지고 있다. 그럴 거면 뭣 하러 분리수거를 시키나.

음식쓰레기엔 수분이 83% 들어 있다. 처리시설에서 퇴비나 사료를 만들 때 악성 폐수가 나올 수밖에 없다. 이 폐수를 수거업자들이 인천 부산 포항 군산 등의 폐기물 하역부두로 가져가서 운반선에 담아 바다에 뿌리고 있다. 이 양이 작년에 150만?이었다. 음식쓰레기의 절반이 폐수로 나오고, 그 폐수의 절반이 바다에 뿌려진다.


축산폐수도 바다에 갖다 버린다. 원래 이럴 계획이었던 건 아니다. 환경부나 농림부에서 그동안 축산폐수 처리시설을 짓자고 1조5000억원을 써왔다. 하지만 시설의 설계하자 등으로 의도했던 효과를 보지 못했다. 그러자 정부가 축산폐수를 바다에 버릴 수 있게 해줬다. 2002년부터 해양투기 업자에게 폐수처리를 맡기는 축산농가엔 배출시설 투자를 면제해준 것이다. 작년의 경우 바다에 뿌린 축산폐수가 275만?이었다. 전국 270개 하수처리장에서 나오는 하수찌꺼기의 59%인 163만?도 바다에 버려진다. 하수찌꺼기를 매립하면 ?당 3만7000원, 소각하면 4만4000원이 드는데 바다에 버리면 1만4000원밖에 안 든다. 그 하수찌꺼기엔 세상에 알려진 모든 유해물질이 들어 있다.


런던협약이라는 게 있다. 바다에 쓰레기를 버리지 말자는 국가간 약속으로 1972년 체결됐다. 우리나라도 1993년 가입했다. 황당한 건 런던협약에 가입하면서 해양투기가 급격히 늘어났다는 점이다. 1993년 바다에 버린 쓰레기 양은 100만?을 조금 넘었다. 그런데 1993년부터 하수찌꺼기도 바다에 버릴 수 있게 규정이 바뀌었다. 해양투기 업자한테 지워지던 사전영향평가 작성, 시험성적서 제출 의무도 면제됐다. 이런 과정을 거쳐 바다 투기량은 작년에 993만?이 됐다. 12년 사이 10배로 는 것이다. 매일 컨테이너 820대 분량의 오물이 군산·울산·포항 앞바다에 뿌려지고 있다.


정부는 런던협약 가입 다음해(1994년)에 환경이 중요하다며 환경처를 환경부로 승격시켰고, 1996년엔 바다 관리를 효율적으로 해야 한다고 해양수산부를 발족시켰다. 런던협약에 가입하고 환경부처를 승격시키고 해양수산부를 만든 것이 대놓고 바다에 오물을 버리자고 한 일인 것처럼 보인다. 정부 차원의 조직적인 ‘바다 죽이기’가 벌어진 것이다.


설마 우리만 이러겠나 싶은 생각에 해양 전문가에게 ‘중국은 어떠냐’고 물어봤다. 중국은 안 버린다는 것이다. 강이나 해안을 통해 서해로 폐수를 흘려보내고는 있지만 우리처럼 오물을 배에 실어 바다에 뿌리지는 않는다는 것이다. 인공위성으로 바다를 찍으면 서해와 동해의 투기 해역이 부옇게 썩어 들어간 모습이 잡힌다. 다른 나라에서도 인공위성으로 그걸 보고 있을 것이다.


바다가 무한한 것 같아 보여도 그렇지가 않다. 오히려 바다는 유독물질이 농축돼 사람에게 전달되는 길목 역할을 한다. 유독물질이 플랑크톤을 오염시키고, 그 플랑크톤을 작은 물고기가 먹고, 작은 물고기는 큰 물고기가 먹는다. 이 과정을 거쳐서 유독물질은 물고기 몸 속에 바닷물 농도의 수만 배까지 농축된다. 물고기를 많이 먹는 일본 사람들 몸에서 수은 같은 독성물질이 많이 검출되는 것은 그런 이유에서다. 한국인은 일본 사람 다음으로 물고기를 좋아한다. 결국 우리는 우리 밥상에 오물을 뿌려대고 있는 것이다.
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